2020年6月，一篇关于新型冠状病毒肺炎相关研究的聚类分析发表于ATM杂志。文章检索了Web of Science核心数据库中3626篇2019年至2020年发表的与新型冠状病毒肺炎相关的文献，通过聚类分析，对已发表文献进行评估，并分析了新冠肺炎相关的研究热点和发展方向。
AME在此献上本文摘要及部分节选，并邀请本文第一作者上海交通大学医学院附属仁济医院重症医学科余跃天教授对分析结果进行进一步解读。
本篇专访采于2020年，于2020年7月9日在“AME科研时间”公众号正式推送。
新型冠状病毒肺炎相关研究的聚类分析摘要
背景：新型冠状病毒肺炎作为一种新发的全球流行性感染性疾病，在过去的几个月内得到了极大的关注，国内外随之发表了一系列相关的研究报道。对于已有的研究结果进行聚类分析，可以明确研究热点，并揭示今后的发展方向。
方法：以“COVID-19”、“Novel Coronavirus”、“2019-nCoV”及“SARS-CoV-2”为关键词，于Web of Science核心数据库中对于2019年至2020年发表的与新型冠状病毒肺炎相关的文献进行检索。使用VOSviewer软件对所获文献进行相应的聚类分析。
结果：研究共计纳入相关文献3626篇，其中“COVID-19”作为出现频次最高的关键词，其总体关联强度为2649，并与“pneumonia”及“epidemiology”等关键词紧密关联。被引用率最高的100篇文献中绝大多数为描述性研究，多关注于临床特征及疾病转归，其平均被引次数为96（范围为26〜883）。《英国医学杂志》（British Medical Journal）为发表新冠肺炎相关论文最多的杂志，共计发表211篇，发表于《柳叶刀》（Lancet）杂志上的相关文献总体被引用2485次。来自德国柏林病毒研究所Christian Drosten教授的相关论文被引用389次，而中国科学院发表的40篇相关论文共计被引用1597次，两者为被引用次数最高的作者及机构。中国与44个国家及地区就新冠肺炎展开了相关研究，总体关联强度为487，主要合作对象为美国、英国及德国。目前已经发表的文献主要集中于疾病管理、临床特征及发病机理三方面，药物治疗及疫苗研发是今后研究的发展方向。
结论：目前与新冠肺炎相关的科研论文发表趋势与日俱增，其中中国学者的研究为疾病的控制及进一步认识做出了巨大的贡献。药物治疗、刺突蛋白及疫苗研发为今后研究及发展的方向。
关键词：聚类分析，新型冠状病毒，肺炎，发展趋势
对话·余跃天
AME：这个研究的灵感来自哪里？
余跃天：聚类分析的方法来源于文献计量学，目前已经成为医学论文中评估研究热点及研究方向演变的一种重要方法，尤其是在文献达到一定数量级别的研究领域有着不可比拟的优势。我从去年开始学习这个方法，研究团队一起解读的第一篇聚类分析是关于脓毒症免疫调控的。我们觉得聚类分析对于临床研究方案的制订，及对其深入理解价值很大，随即就和研究团队一起尝试撰写有关ICU内耐药菌方面的文献聚类分析。
今年3月，拯救脓毒症运动（Surviving Sepsis Campaign，SSC）在Intensive Care Medicine上发表了新冠肺炎指南，其中大部分建议的推荐级别均以低级别弱推荐为主，主要是参考了SARS及MERS的诊治方案。我在阅读这个指南的时候查了一下当时已经发表的COVID-19相关论文，数量是3219篇。随着疫情发展，全球有大量研究相继开展，我觉得对于后续涌现出的大量文献做聚类分析很有意义，一是可以评估已发表文献的质量，了解研究热点；二是期待这些研究成果可以为指南的修订提供更充足的循证医学证据。
文章节选1：科学文献的计量及整体分析
Web of Science在线数据库于2019年至2020年共收录与新冠肺炎相关论文15805篇，其中包括10601篇（67.1%）研究原著, 1189 篇（7.5%）篇综述, 2296篇（14.5%）社论及1719篇包含病例报道、读者来信等形式的文献。其中15619篇 (98.8%) 文献发表于2020年（截止于5月20日），186篇发表于2019年。几乎所有的论文均以英语形式撰写（14609篇, 92.4%），以中文形式撰写的为623篇。11575篇 (73.2%)文献为开放性获取。在所有检索出的相关文献中，3626篇被 Web of Science核心数据库收录。
AME：请谈一下对于分析软件、数据库的选择？
余跃天：目前主流的聚类分析软件有VOSviewer及CiteSpace两个，各有所长。其中VOSviewer是众多科学知识图谱软件之一，即通过“网络数据”（主要是文献知识单元）的关系构建和可视化分析，实现科学知识图谱的绘制，展现知识领域的结构、进化、合作等关系，其突出特点是图形展示能力强，适合大规模数据。VOSviewer软件设计的核心思想是“共现聚类”，即两个事物同时出现代表它们之间是相关的；这种相关关系存在多种类型，它们的强度和方向也不一样；基于关系强度与方向的测度指标聚类，可寻找不同类型的团体。
VOSviewer支持文献数据库、通用网络数据及文本数据的导入和分析。其中文献数据库是指从Web of Science（WOS）、Scopus等主流数据库中下载文献著录数据，在此基础上提取相应的字段构建共现网络，如合作网络、共词网络、共被引和耦合网络等；通用网络数据指用户可以自建节点、联系数据或者直接导入GML或Pajek等网络数据文件实现共现聚类。而WOS核心数据库收录的文献质量较高，且导出的格式中包含了关键词、主题词、参考文献等信息，便于进行共被引及耦合分析，因此最后选择了WOS core database。5月20日，我们在论文最后一版（第八版）修改时，再次查阅了此数据库，与COVID-19相关的文献是15805篇，其中包括了非英语文献、摘要文章、简明会议报告、通信等等，将这些论文排除后，最终纳入研究的是3626篇。
AME：“Novel Coronavirus”、“2019-nCoV”、“SARS-CoV-2”及 “COVID-19”这四个文献检索关键词是如何选择的？
余跃天：大家对于新发传染病的认识总是从起初的不了解开始的，先是期待从既往有部分类似特征的疾病诊治中寻找突破点，吸取经验，到后期从大量临床病例诊治过程中积累经验，并通过病理学及分子检测等手段，加深认识。因此根据对疾病认识的循序渐进，我们选择了每个时间段的关键词：“Novel Coronavirus”、“2019-nCoV”、“SARS-CoV-2”及 “COVID-19”进行检索，避免关键文章遗漏。
文章节选2：科学文献的引证分析
表1罗列了与新冠肺炎相关且被引用频次最高的100篇科学文献。其中大部分为包含疾病特征及实验室指标改变的描述性研究或病例序列报道，其他还包括新冠病毒基因型及传播途径与中间宿主的基础研究。被引用频次最高的100篇科学文献的平均被引用次数为96次（范围为26〜883），均发表于2020年，其中54篇来自中国研究者，13篇发表于《柳叶刀》杂志的新冠肺炎专栏。
919本专业期刊发表了新冠肺炎相关文献，其中141本杂志发表相关文献大于5篇。发表相关文献最多的10本杂志共计发文606篇，占Web of Science核心数据库收录文献的16.7%。其中发文最多的为《英国医学杂志》（British Medical Journal，BMJ，影响因子27.604），共计发文211篇。被引用最多的期刊为《柳叶刀》（Lancet，影响因子59.102），共计被引用2485次。
（限于篇幅，文中其余图表请见中文全文或英文原文）
AME旗下SCI杂志Translational Pediatrics（《儿科转化研究》杂志，简称TP杂志，IF=2.286）发表的文章在被引频次排行中位列第47位。
AME：在引证分析中，有没有让您感到意外的结果？为什么？
余跃天：我们使用了VOSviewer软件对已经发表的文献进行了引证聚类，同时被引频次也是衡量文献质量最重要的指标之一。起先在文章初稿撰写时，我们统计了被引次数前10位的文献，发现其中8篇为观察性研究，主要以描述临床特征为主，另外2篇来自基础研究（中间宿主研究及基因研究各1篇）。这与我们既往对于文献的认识有所不同，对一个疾病研究方向而言，被引频次较高的应该是设计完善的随机对照研究或是Meta分析，这些研究的结果可以对指南共识提供强有力的循证医学证据，而观察性研究及病例序列研究被引频次相对较低。
因此在本文修稿时，按照审稿专家给出的建议，我们统计并分析了被引频次前100位的文献情况。其中大部分为包含疾病特征及实验室指标改变的描述性研究或病例序列报道，其他还包括新冠病毒基因型及传播途径与中间宿主的基础研究。其中无一篇随机对照研究纳入，这也说明关于COVID-19的RCT研究设计仍需改进，样本仍需扩充，结论仍需斟酌与探讨。
文章节选3：科学文献的作者合作分析
共有6219名作者参与到新冠肺炎相关论文的撰写中，其中来自日本北海道大学的Andrei R. Akhmetzhanov教授发表了7篇有关新冠肺炎传播及实验室诊断的论文，他的主要合作伙伴为日本科学技术署的Natalie M. Linton及Hiroshi Nishiura教授，总体相关强度为49。经对国内及国际论文的检索发现，共有2037个机构发表了新冠肺炎相关的科学论文，其中140个机构发表相关论文5篇以上。华中科技大学目前发表了相关论文90篇，且被引用1268次，其主要合作机构为武汉大学，且共同发表的科研论文主要集中于新冠肺炎的临床特征及实验室检查结果。同时其也与香港大学在急性传染病传播途径及传播方式方面进行长期合作。
中国学者与来自其他44个国家的学者合作，目前共发表相关科学论文838篇，总体相关强度为487。最主要的合作国家为美国、英国及德国。沙特阿拉伯就分享MERS相关经验与其他25个国家展开合作并撰写论文，总体相关强度为85。
AME：您如何评价中国学者在此次疫情过程中所做的科研贡献？
余跃天：如中国医学科学院院长王辰所言，“疫情防控有两条主线，一是防控和诊治，二是科学研究。” 2020年1月24日中国学者在Lancet杂志上首次揭示了41名新冠肺炎确诊患者的临床特征，2月4日在Nature上发表了体外试验证实可能对于新冠肺炎病毒有效的两种药物（瑞德西韦，羟氯喹），还有后期的临床管理、候选疗法等文章，中国学者都在用自己的科研成果及临床经验总结为这场疫情的控制贡献力量。
文章节选4：科学文献的主题及研究发展
目前已发表的新冠肺炎论文研究方向主要集中于如下三个方面：1、以疾病诊断、临床特征及影像学变化为主的临床研究（蓝色群集）；2、与疾病治疗及紧急预案相关的临床研究（绿色群集）；3、以发病机制及风险预测模型为主的研究（红色群集）。根据2019年至2020年科学论文中出现的关键词绘制研究趋势的演变网络图，并以由紫色向黄色过渡代表时间演变。目前的研究方向已经由早期的临床特征转为疫苗研发，有效的药物治疗及对于刺突蛋白的进一步研究。
文章节选5：讨论
我们的研究着重分析了Web of Science核心数据库纳入的3626篇新冠肺炎相关科学论文。这些文献主要集中于研究疾病的临床特征，药物治疗及发病机理。作为出现频次最高的关键词，“COVID-19”与“Pneumonia”及“Epidemiology”密切关联。中国学者的论文为全球对新冠肺炎的深入认识做出了贡献。有效的药物治疗，疫苗的研发及刺突蛋白的研究是今后的研究热点。
（部分内容省略）
由于新冠肺炎疫情最初于中国武汉爆发，因此2019年底发表的科学论文绝大多数由中国学者撰写。随着对于疾病的进一步了解及救治需要，许多临床研究在武汉及中国其他省市自治区开展。目前有关抗病毒药物如羟氯喹、瑞德西韦、阿比朵尔及洛匹那韦-利托那韦的研究已经发表。但由于研究入组对象的基线水平不同，危重程度不同以及样本量的限制，使得研究结果仍充满争议，以至于目前尚无公认的有效治疗新冠肺炎病毒的药物。因此有效的药物研发必然是今后的研究重点。作为疫苗研发的重要部分，单克隆抗体始终是阻断急性传染性疾病发病的有效途径之一。目前全球疫情控制尚不乐观，新冠肺炎疫苗的研发任重而道远。
AME：您如何看待发表在预印本上的科研论文？
余跃天：与既往SARS或MERS等新发流行性感染性疾病相比，COVID-19疫情存在一个明显的不同，就是随着疫情的传播，和这一疾病相关的信息也快速地传播开来，不论是流行病学数据，临床研究开展还是预实验结果。一是因为通过学会官方网站等社交媒体平台发表观点、传播信息，已经能够被广大科学家和医生所接受；更重要的是预印本的兴起，可以第一时间向医务人员提供研究结果。
但我认为，当预印本这类未经审核的研究成果直接向公众公开阅读权限，可能会引发一系列的问题。比如这些未经同行评议的文章可能质量参差不齐，其研究结论未必可以完全应用于COVID-19的诊治防。有些研究经过同行评议之后可能会做出重大修改，需要补充更多的临床及实验室数据或补充实验。比如说，有些风险预测建模的文章，模型需要更多的病例来验证其信度及效度，有些随机对照试验由于无法满足样本量的要求仍需对其研究结果进行谨慎解读。
AME：为什么会选择ATM杂志作为目标投稿期刊？
余跃天：我们一直关注着AME的成长及旗下各本杂志创刊后的发展及研究方向，目前已经有13本杂志被SCI期刊数据库收录，并在上周公布的最新影响因子中取得了好成绩。我们团队的章仲恒教授于2018年已经在JTD杂志上发表过有关危重症医学研究方面的聚类分析“The top 2,000 cited articles in critical care medicine: a bibliometric analysis”。去年我们团队也对发表在iMDT Corner版块的另一篇聚类分析的文章“The 100 most cited articles on thoracic surgery management of lung cancer”进行了深入讨论。所以我们觉得AME对于医学研究热点的聚类分析持开放性态度，便将ATM杂志作为最佳的投稿选择。
AME：团队的小伙伴都来自不同的医院和科室，你们之间有怎样的缘分？是如何聚集在一起开展这项研究的？
余跃天：我是2020年1月28日随上海市第三批援鄂医疗队奔赴武汉，主要对口救治武汉三院重症医学科收治的重型/危重型新冠肺炎患者。在援鄂的55天里，我们与当地的医生结伴同行、共同战斗，度过了同舟共济的岁月，结下了生死之交的情谊。3月22日援鄂结束返沪后，我提出了一起做一个COVID-19文献聚类分析的想法，大家都积极响应。作者团队中还有几位是我们研究团队长期固定的合作伙伴，近几年我们已经合作发表了30余篇SCI论文。
受访专家：余跃天
上海交通大学医学院附属仁济医院
重症医学科 医学博士 副主任医师
•上海市微生物学会临床微生物分会副主任委员
•上海市医学会感染与化疗分会青委秘书
•上海市医学会分子诊断分会感染学组副组长
•上海市医学会危重症分会感染学组委员
•上海市微生物学会耐药防控专委会委员
•中国研究型医院学会危重病分会委员
•欧洲临床微生物与感染学会（ESCMID）会员
研究方向为呼吸危重症及重症感染诊治。主持相关课题及人才培养计划5项。一作/通讯发表相关SCI论文30余篇，第一完成人获上海市科技发明奖金奖，国家发明专利3项。现任Frontiers in Medicine，Frontiers in public health等4本SCI杂志编委，Thorax等多本SCI杂志审稿人。
